Bereits 1885 bildete sich in Schöningen ein „Bürgercomité“ für die Errichtung einer Schwimm-Bade-Anstalt. Als Standort schlug man das Terrain an der Grasmühle vor. Das Vorhaben scheiterte an der mangelhaften Wasserversorgung in diesem Bereich.
Knapp 20 Jahre später planten rührige Unternehmer, einen Badeteich nahe der Fleitsmühle anzulegen. Dieses Projekt musste wegen der Wasserdurchlässigkeit des Bodens jedoch wieder aufgeben werden. Als dann endlich ein günstiger Standort, das Gebiet um den Negenbornspring, gefunden wurde, brach der erste Weltkrieg aus und verhinderte das Vorhaben abermals das Bauvorhaben. 
Immerhin wurde am 14.1.1924 von den Schöninger Stadtverordneten der Plan wieder aufgenommen mit dem Beschluss, am Negenbornspring eine Freizeitbadeanstalt zu errichten. Bereits ein Jahr später, am 19. Mai 1925, wurde das „Städtische Freibad am Negenborn“ eingeweiht. Eine amtliche Bekanntmachung, die in der lokalen Zeitung einen Tag vorher veröffentlicht wurde, wies nicht nur auf dieses Datum hin, sondern machte zugleich auf die unterschiedlichen Benutzungszeiten für das jeweilige Geschlecht aufmerksam. War der Damenwelt nur an zwei Tagen Nachmittagen der Woche das Baden gestattet, so durften sich die Herren – außer an diesen „Damennachmittagen“- ganzwöchig, sowohl vor- wie nachmittags an dem kühlen Nass erfreuen. Allerdings währte dieser Spaß zunächst nicht länger als vier Wochen. Zu diesem Zeitpunkt musste das Freibad wegen Wassermangels nämlich bereits wieder geschlossen werden. Immerhin reichte die kurze Betriebsdauer den Schöningern aus, das Bad in „Aquarium“ umzutaufen. Diese Bezeichnung passte zu dem Pflanzenwuchs und den quirligen Lurchen und Olmen, die munter mit den Badegästen um die Wette schwammen. 
Die umgehende Wiedereröffnung des Bades am 21. Juni 1925 war schließlich dem glücklichen Zustand zu verdanken, dass das überschüssige Wasser aus dem Bohrloch der „Saline an der langen Trift“ mittels einer Rohrleitung dem Freibad zugeführt werden konnte. Dadurch war nunmehr sowohl ein ausreichender Wasserstand des Bades gesichert, als auch die stete Erneuerung des Wassers gewährleistet. Die getrennten Badezeiten für Männlein und Weiblein wurden per amtlichen Beschluss- trotz heftigen Widerstandes, der vor allem kirchlicherseits geleistet wurde - wieder aufgehoben. 
Im Jahre 1932 wurde das dreiteilige Becken, das bis dahin nur an den Seitenwänden holzverkleidet war, teilweise betoniert. Eine völlige Sanierung wurde 1954 vorgenommen und fünf Jahre später für die jüngsten Badegäste ein Planschbecken im Bereich der Liegeweise angelegt. 
Der Abriss der BKB-Hallenbades in Alversdorf führte 1973 zum Bau einer Traglufthalle über dem Schöninger Schwimmbad, wodurch von nun an wetterunabhängig Badespaß und Badesport betrieben werden konnte. Das Bad wurde vor allem wegen seiner acht 50-Meter-Bahnen für Schul- und Verbandssport in den folgenden vierzehn Jahren stark in Anspruch genommen. 
Baubehördliche Maßnahmen führten 1988 zur Schließung und letztlich zum Abriss der Traglufthalle. Die Verantwortlichen zögerten aber nicht lange, an gleicher Stelle ein neues modernes Badezentrum zu planen, in dem sowohl Freizeit- wie auch der sportliche Aspekt berücksichtigt werden sollte. Das Resultat, bereits nach zwei Jahren Bauzeit fertiggestellt, war eine durchdachte Konzeption mit Sport-, Entspannungs- und Unterhaltungsmöglichkeiten, die sowohl dem kleinen wie großen Badegast eine abwechslungsreife Freizeitgestaltung bot. Aus dem einstigen „Aquarium“ war somit ein modernes Badezentrum geworden.
Im August 2013 begann die aufwendige energetische Sanierung des BZN. Die Gesamtkosten für beliefen sich insgesamt auf 6,2 Millionen Euro, davon etwa 2 Millionen Euro europäische Fördermittel. Wiedereröffnet wurde am 21. Mai 2015. Nach dem Abriss einiger Gebäudeteile begann die umfangreiche energetische Ertüchtigung. Dabei entstanden fünf 25-Meter-Bahnen, ein Kleinkind- und ein Erlebnisbecken, ein Saunabereich sowie die längste fugenlose Rutsche Europas, die mit 122,26 Metern die Attraktivität des Badezentrums für die Besucher noch mehr steigerte. Auch acht Wohnmobilstellplätze mit den entsprechenden Be- und Entsorgungsanlagen wurden vor dem Badezentrum geschaffen.